Počátky muzejní a organizované vlastivědné práce ve Frenštátě p. R. souvisí s účastí regionu na pražské Národopisné výstavě českoslovanské v roce 1895. Zásluhou učitele Jiřího Felixe (1856 - 1926) byl v roce 1893 založen místní Národopisný odbor, který shromáždil materiál národopisného charakteru, doplněný o řemeslné a průmyslové výrobky z Frenštátu a okolních obcí. Odbor ještě téhož roku uspořádal Národopisnou, průmyslovou, uměleckou a školskou výstavu ve Frenštátě p. R. Po prezentaci sbírek na pražské výstavě činnost odboru končí. Předměty byly odevzdány městu jako základ pro budoucí muzeum.
Další kapitola historie muzea je spjata s budovou radnice, kde muzeum v letech 1959 až 2002 sídlilo a připravilo pro své návštěvníky tři expozice - tkalcovství, národopis a výtvarné umění. V roce 1964 se stalo Městské muzeum součástí Vlastivědného ústavu (později Okresního vlastivědného muzea) v Novém Jičíně, nyní Muzea Novojičínska. Reorganizace státní správy a potřeby Městského úřadu ve Frenštátě p. R. byly v roce 2003 příčinou vystěhování muzea a jeho sbírek z budovy radnice do budovy tzv. chlapecké školy z roku 1876.
V rámci projektu Rekonstrukce a obnova Muzea ve Frenštátě pod Radhoštěm byly získány finanční prostředky na vybudování muzea. Odborný zájem muzea na poli národopisném, především o lidový výtvarný projev, historii rukodělné a mechanické tkalcovské výroby a barvířství, vystěhovalectví, i o kulturní, společenský a výtvarný život vymezuje jeho postavení v regionu Frenštátska.
